IV Jornadas Latinoamericanas de Bacteriófagos

Las bacterias resistentes a los antibióticos representan una amenaza para el control de las enfermedades infecciosas. La rápida aparición de este fenómeno en numerosas bacterias ha generado la necesidad urgente de desarrollar métodos alternativos para su control. En este contexto, los bacteriófagos líticos surgen como una alternativa prometedora, ya que su ciclo de vida culmina con la lisis bacteriana mediada por proteínas líticas codificadas por los fagos. Por ello, este estudio evalúa la secuenciación dirigida mediante adaptive sampling (Oxford Nanopore Technologies) para identificar genes líticos fágicos y facilitar la detección rápida de fagos con potencial antimicrobiano.

Metodología

Se construyó una base de datos de enzimas líticas de fagos mediante búsquedas dirigidas a fagos en NCBI, la cual fue depurada según anotación funcional, longitud (SeqKit) y redundancia (MMseqs2). El genoma modelo se seleccionó tras pruebas con VIBRANT, priorizando aquel que presentaba mayor número de fagos líticos. A continuación, se realizó la secuenciación utilizando la plataforma MinION, empleando el kit Rapid DNA sequencing V14 junto a la base de datos construida, bajo un enfoque de enriquecimiento mediante adaptive sampling, con una corrida de 24 horas. Las lecturas obtenidas se alinearon con minimap2 y se procesaron con SAMtools y BEDTools para evaluar la eficacia de esta estrategia en la captura dirigida de genes líticos.

Resultados esperados

Como modelo de estudio se utilizó P. aeruginosa (ST277), la cual presenta siete fagos, cuatro de ellos líticos, proporcionando un escenario adecuado para evaluar esta estrategia. En este contexto, se espera que el adaptive sampling permita la identificación dirigida de genes líticos y, de manera indirecta, el enriquecimiento de fagos líticos, facilitando su detección como candidatos con potencial antimicrobiano.

Conclusiones

Este enfoque representa una estrategia prometedora para la identificación dirigida de fagos con potencial antimicrobiano, aportando nuevas herramientas para enfrentar el creciente desafío de la resistencia bacteriana.