Congreso Uruguayo en Una Salud - I Jornada Académica del Instituto de Investigación Una Salud

La encefalitis equina del oeste es una enfermedad zoonótica causada por un alfavirus transmitido por mosquitos (WEEV, por sus siglas en inglés), cuya reemergencia en América del Sur durante 2023–2024 planteó desafíos para la salud pública y animal. Recientemente se han señalado posibles limitaciones en la sensibilidad de los protocolos de RT-qPCR recomendados internacionalmente, especialmente frente a variantes emergentes del linaje sudamericano del virus. Esta observación no solo refleja un problema puntual, sino que ilustra una limitación estructural de los métodos diagnósticos actuales: la evolución constante de los virus contrasta con el diseño estático de los protocolos moleculares, que se basan en secuencias de referencia susceptibles de volverse obsoletas.
En este trabajo se analizaron 74 genomas completos de WEEV disponibles en bases de datos públicas y se identificaron múltiples desajustes de complementariedad (mismatches) entre los oligonucleótidos utilizados en los protocolos recomendados internacionalmente y las secuencias virales circulantes en la región. Estos desajustes se concentraron en las variantes recientes del brote sudamericano y afectaron principalmente a las regiones diana de cebadores y sondas. El análisis estadístico confirmó un efecto significativo del linaje viral sobre la distribución de los desajustes, y se observó una divergencia genética marcada en el uso de codones y la composición proteica, lo que podría tener implicancias funcionales y diagnósticas.
A partir de estos hallazgos, estamos validando experimentalmente los resultados obtenidos in silico. Para ello se diseñaron y adquirieron fragmentos de ADN sintético que representan genéticamente los cinco linajes virales de WEEV y se rediseñaron los cebadores y las sondas para restaurar la complementariedad con las secuencias virales. Actualmente se están realizando ensayos de RT-qPCR utilizando los oligonucleótidos originales de los protocolos recomendados y los adaptados, con ADN sintético como molde. Se generarán curvas estándar mediante diluciones seriadas y se aplicará un modelo de regresión lineal para estimar la sensibilidad analítica de los ensayos originales y adaptados.
Se aportará evidencia experimental que permita: (i) confirmar la disminución de sensibilidad diagnóstica atribuible a los desajustes; (ii) establecer correlaciones entre el número y localización de los desajustes y los valores de Ct; y (iii) demostrar que la adaptación de los protocolos mediante el rediseño de oligonucleótidos mejora la sensibilidad diagnóstica frente a variantes emergentes.
Al integrar el análisis bioinformático y la validación experimental, este trabajo contribuye al desarrollo de herramientas diagnósticas más robustas y adaptativas, capaces de responder con mayor precisión a la evolución viral en futuros brotes. Estos resultados podrían respaldar la revisión de los protocolos diagnósticos actualmente utilizados, optimizar herramientas moleculares y fortalecer la vigilancia epidemiológica ante brotes de WEEV en la región.