Congreso Uruguayo en Una Salud - I Jornada Académica del Instituto de Investigación Una Salud

La hemofilia A es la coagulopatía hereditaria ligada al cromosoma X más frecuente, causada por mutaciones en el gen del factor VIII (F8) de la coagulación. Se han identificado más de 3500 mutaciones distintas en este gen, asociadas con fenotipos leves, moderados y severos. El diagnóstico molecular de esta patología resulta esencial, ya que permite establecer tratamientos adecuados y brindar asesoramiento genético a las familias afectadas. Sin embargo, el estudio del gen F8 es complejo debido a su gran tamaño y a la diversidad de mutaciones posibles. En este contexto, el presente trabajo tuvo como objetivo desarrollar y aplicar un flujo de trabajo bioinformático propio para la detección de variantes patogénicas en el gen F8 a partir de datos de secuenciación masiva (NGS) generados en un panel de genes asociados a coagulopatías hereditarias.

La metodología se basó en la implementación de un pipeline bioinformático siguiendo las buenas prácticas recomendadas por GATK. Se emplearon herramientas estándar de análisis genómico: BWA para el alineamiento de las lecturas al genoma de referencia (hg37), Samtools y Picard para el procesamiento y filtrado de los alineamientos, GATK para la detección de variantes y ANNOVAR para la anotación funcional y clínica. Los archivos de entrada correspondieron a lecturas en formato FASTQ de un individuo diagnosticado con hemofilia A severa. Las variantes fueron filtradas según parámetros de calidad (QD, FS, MQ) y posteriormente anotadas en diversas bases de datos internacionales, como 1000 Genomas, ExAC y gnomAD.

El análisis permitió mapear un total de 389.900 lecturas, de las cuales 373.834 se alinearon correctamente. Se identificaron 88 variantes, de las cuales 48 superaron los filtros de calidad establecidos. Entre ellas se detectó una variante patogénica inédita, consistente en la inserción de dos pares de bases (GA) en el exón 14 del gen F8, lo que provoca un cambio de marco de lectura (frameshift) y la generación de un codón de parada anticipado, produciendo una proteína truncada y no funcional. Esta mutación no se encuentra reportada en bases de datos públicas, lo que sugiere que se trata de una nueva variante causal de hemofilia A severa.

En la discusión, se destaca que el flujo de trabajo implementado logra resultados comparables a los obtenidos con software comerciales como Geneious Prime o Torrent Suite, pero con la ventaja de ser reproducible, escalable y de libre acceso. Además, la integración de herramientas como GATK y ANNOVAR asegura la calidad y trazabilidad del análisis, permitiendo una identificación precisa de variantes patogénicas.

Como conclusión, este estudio demuestra que el pipeline desarrollado es eficiente y confiable para el diagnóstico molecular de la hemofilia A mediante NGS. Su aplicación posibilita la detección de mutaciones causales y de portadoras, contribuyendo al asesoramiento genético y al fortalecimiento de las capacidades locales en diagnóstico bioinformático de coagulopatías hereditarias.